单细胞实践教程 | BioF3 组学数据分析

📄️模块01：实践数据集与数据获取

BioF3 的教程需要配套真实数据，不能只依赖模拟数据和示意代码。本页整理适合教学复现的公开测试数据集，并给出建议使用场景、下载命令和数据规模。

本模块将介绍如何使用 Cell Ranger 处理 10x Genomics 单细胞 RNA 测序的原始数据。

本模块将介绍单细胞数据分析的核心步骤：质量控制、数据标准化、降维、聚类和细胞类型注释。

本模块将介绍如何整合来自不同批次、不同条件或不同实验的单细胞数据。

本模块将介绍如何使用轨迹推断方法研究细胞分化、发育和状态转换过程。

本模块将介绍如何从单细胞数据中推断细胞间的通讯网络和信号传导。

本模块介绍如何整合和分析多模态单细胞数据，包括 CITE-seq、ASAP-seq 等技术。

本模块介绍 T 细胞受体（TCR）和 B 细胞受体（BCR）的单细胞测序分析。

本模块介绍空间转录组技术和数据分析方法。

本模块介绍单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）的分析方法。

本模块介绍选择性多聚腺苷酸化（Alternative Polyadenylation, APA）在单细胞水平的分析。

本模块介绍如何遵循 FAIR 原则（Findable, Accessible, Interoperable, Reusable）共享单细胞数据。