BioF3 运维与架构文档

文档	说明
ECS-PLATFORM-CONVERGENCE-PLAN.md	当前主线：ECS platform 承担 /api/platform/*，Dell 降级为算力节点；ECS Docker PostgreSQL 为中心库
BACKEND_STRUCTURE_CONVERGENCE_PLAN_2026-06-14.md	下一阶段工程整理：把当前 platform-server 薄壳 + historical r-server shared backend 逐步拆成 platform / R compute / shared backend
BACKEND_ROUTE_OWNERSHIP_2026-06-14.md	后端拆分地图：把 r-server/server.js 与 r-server/routes/* 路由标为 platform / R compute / Dell internal / shared compatibility
LOCAL_WORKSPACE_HYGIENE_2026-06-14.md	本地工作区台账：区分源码、生成物、远端镜像、历史归档和本地 runtime 数据
DEPLOYMENT_LAYOUT_2026-06-13.md	部署路径台账：本地仓库、ECS、Dell 的现役路径 / 待确认旧目录 / 清理安全闸
REMOTE_CLEANUP_PREFLIGHT_2026-06-13.md	远端清理预检：旧目录二次证据链、可归档候选、敏感/系统保留项
PLATFORM_ROUTE_INVENTORY_2026-06-12.md	Phase 1/3 清单：生产 /api/platform/* 路由归属、Dell 例外、迁移分类；admin/cache 已改 ECS 内部代理
TOOLS_ROUTE_SPLIT_PLAN_2026-06-12.md	当前 tools 拆分计划：先迁 history/status 元数据，执行、文件、Demo asset 继续 Dell-backed
DATA_PLANE_POSTGRES_MIGRATION.md	阶段 B：SQLite → PostgreSQL 迁移清单
inventory/sqlite-tables-from-code.md	代码内 CREATE TABLE 静态表清单
../ARCH-api-worker.md	API / Worker 架构说明（若有）

常用命令

# 本地：列出 SQLite 表与行数（需 r-server 已 npm install）
npm run ops:sqlite-inventory

# 指定生产库路径（从 Dell scp 下来的 biof3.db）
BIOF3_DB_PATH=./biof3.db npm run ops:sqlite-inventory

# JSON 输出（CI / 存档）
npm run ops:sqlite-inventory:json > docs/ops/inventory/sqlite-inventory-$(date +%Y%m%d).json

部署（摘要）

• 静态站：./deploy.sh --site → 阿里云 ECS
• platform-api：ECS biof3-platform，承接 /api/platform/*。当前 platform-server 是 thin wrapper，会以 BIOF3_RUN_MODE=platform 加载 r-server/server.js；这是迁移期稳定形态，不是最终源码边界。
• r-server：Dell /opt/biof3-r-server，biof3-r-server 运行 api 模式保留 R compute/internal ops，biof3-r-worker 运行 worker 模式执行 PG 队列
• py-server：Dell /opt/biof3-py-server，biof3-py-server 运行 api 模式保留 Python compute API，biof3-py-worker 运行 worker 模式执行 PG 队列
• 数据库：ECS Docker PostgreSQL 容器 biof3-pg，不是阿里云托管 RDS
• 健康检查：./deploy.sh --health

部署路径以 DEPLOYMENT_LAYOUT_2026-06-13.md 为准。尤其注意：ECS /opt/biof3 虽像旧目录，但仍被 nginx/Waline Docker bind 和 cron 使用，并保留已停用 Halo/generator 数据；Dell /opt/biof3-r-server、/opt/biof3-py-server 是现役算力根目录。清理任何 pending 目录前必须先过文档里的安全闸。