更新历史 | BioF3 | BioF3 组学数据分析

v3.1小版本
2026-05-25
11 个工具的图全部从"能用"升级到"可发表"
v3.1 不引入新功能，把 v3.0 留下的"基础底座"扎牢。11 个在线分析工具的所有图，全部从默认 R 风格升级到 SCI 论文风格，每张图同时输出 PNG（300dpi）+ Cairo PDF（矢量），直接可拖进论文。
- _biof3-theme.R 共享样式包：theme_biof3 / biof3_palette / biof3_palette_div / ggsave_biof3 / save_grid_biof3
- 11/11 在线工具 SCI 风格回填（DESeq2 / GO-KEGG / GSEA / KM / LASSO-Cox / 免疫浸润 / Seurat / WGCNA / ComplexHeatmap / CellChat / maftools-mutation）
- 配色映射有语义：红=风险/激活/上调，蓝=保护/抑制/下调，灰=不显著
- 4 类绘图体系全部覆盖（ggplot2 / survminer / enrichplot ggraph / pheatmap+labeledHeatmap+base R）
- LASSO-Cox 在线绘图真接通（saveRDS(cv_fit) + signature_expr_matrix.csv，FigCode 用本次分析数据）
- maftools 突变签名修复（NMF 0.28 必须 library(NMF) attach 才能注册算法表）
- 撤销 dep-proteomics 占位（5 处注册全清，避免幽灵工具）
- 飞书通知 /admin#tool-jobs 死链改成 /admin
- 每日早报已扩展（7 天 smoke 通过率 + 工具运行数 + AI cost ¥）
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v3.0大版本
2026-05-19
AI 陪伴的全组学学习平台
把"中文生信教程站 + 单细胞云平台 + FigCode 工具"重新组织成一件事。加了一套元数据系统让 AI 能"看见"全站每一篇内容，加了一套学习记忆让 AI 能记住每个用户当前在哪、学到哪、卡在哪。
- 全站登录入口统一到 navbar
- AI 陪学浮窗（任意 docs 底部）— AI 给 plan + 验证理解 + 标记弱点
- FigCode ↔ Docs 双向跳转 + 内嵌组件 <FigInline>
- 我的学习记录页（/learning-report）— 含完成数 / 各领域分布 / 待复习概念 / 时间线
- AI 推荐能跨组学（前置已跨 ≥2 领域时主动推荐桥接 docs）
- 弱点诊断 + 复习队列：陪学验证答错的概念入队，下次进站优先翻出来
- 元数据 100% 覆盖：65 docs + 32 figcode + 4 blog
- 7 个新后端工具（progress / suggest_next_steps / verify_understanding / suggest_review / record_learning_signal / cross-domain bridge / 等）
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v2.0大版本
2026-04 ~ 2026-05
AI 助手 + 工程基础设施
把 BioF3 从"只读教程站"升级成"带 AI 助手的工具站"。AI 能调工具操作页面，能记住用户事实档案，能跑长会话不忘记，能给报告生成 PDF。后端从单文件的 server.js 拆成模块化路由，加了 SQLite 备份 / 健康检查 / 飞书告警。
- Copilot 三层记忆：facts / chat summary / vector memories
- 多会话隔离 + 自动短标题 + 话题切换检测
- 工具调用：query / read_page / search / act / plan / verify_state / discover_capabilities
- 17 个白名单 act + 6 个内置 generic handler
- 22 项 hardening（rate limit / page check / parent wait / tool cap…）
- 报告生成四件套（Methods 段 / PDF / R + Python 复现脚本 / 图 caption）
- admin 治理面板：用量看板、全局 / 单用户暂停、impersonate、审计日志
- AI 用量遥测（每次 LLM / embedding 调用入库）
- 服务端模块化（routes/ 6 模块 41 个端点，server.js 不再增长）
- SQLite 自动备份（每天 04:00 + 周日 OSS 跨机器容灾）
- 健康检查 + 飞书告警 + 每日早报
v1.0大版本
2024-05
中文生信教程站 + 单细胞云平台首次上线
第一版 BioF3：面向中文读者的组学分析教程，加一个能在线跑 scRNA-seq 标准分析的云平台。
- 6 大组学专栏的教程框架（基础 / 单细胞 / bulk RNA-seq / 表观 / 基因组 / 蛋白 / 多组学整合）
- FigCode：32 张 SCI 论文常见图的可复制 R 代码
- 单细胞云平台 v1：上传数据 / 跑标准分析 / 在线绘图
- 4 篇博客上线
- Halo 博客 + Waline 评论
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11 个工具的图全部从"能用"升级到"可发表"

AI 陪伴的全组学学习平台

AI 助手 + 工程基础设施

中文生信教程站 + 单细胞云平台首次上线