BioF3 API / Worker 分离（多计算节点）

目标

• API 进程：HTTP、登录、权限、Copilot、任务入队（写 SQLite tasks 表）
• Worker 进程：只认领 pending 任务、跑 Docker/R，可多实例、多机
• 共享：biof3.db（含 tasks 表）+ 同一 BIOF3_TEMP_DIR（NFS 或单机路径）

环境变量

变量	说明	默认
BIOF3_RUN_MODE	api | worker | all	all
BIOF3_WORKER_ID	认领任务时的 worker 标识	主机名
BIOF3_DB_PATH	SQLite 路径	r-server/biof3.db
BIOF3_WORKER_POLL_MS	worker 轮询间隔	2000
R_MAX_CONCURRENT_TASKS	每个 worker 同时跑几个 R 任务	3

单机（与现在一致）

cd r-server
BIOF3_RUN_MODE=all node server.js
# 或 pm2 只起一个 biof3-r-server

分离部署（推荐生产演进）

Dell 计算节点 A

BIOF3_RUN_MODE=worker BIOF3_WORKER_ID=dell-a node worker.js
# pm2: biof3-worker-a

Dell 计算节点 B（第二台或同机第二个进程）

BIOF3_RUN_MODE=worker BIOF3_WORKER_ID=dell-b node worker.js

API（仍在 Dell 或迁到 ECS 小机）

BIOF3_RUN_MODE=api node server.js

注意：api 模式不在本机 drainQueue；必须有至少一个 worker.js 在跑。

共享存储

• BIOF3_DB_PATH 三台必须指向同一份 biof3.db（NFS 挂载或后续迁 PostgreSQL）。
• BIOF3_TEMP_DIR / Docker 挂载路径 worker 必须能读写。

接口

• POST /api/task — 入队（SQLite pending）
• GET /api/task/:id — 查状态（含 workerId）
• GET /api/queue/status — 队列统计 + runMode

认领语义

claimPendingTask(workerId) 在 SQLite 事务内：

1. 本 worker 已 running 数 < R_MAX_CONCURRENT_TASKS
2. 取最早一条 pending，改为 running 并写入 worker_id

多 worker 并发时依赖 WAL + 事务，避免双认领。

后续（未在本阶段实现）

• PostgreSQL 替代 SQLite（多 API 节点必备）
• Redis 队列（高吞吐）
• API 与 worker 分属不同 VPC / 机器时的 NFS 与密钥管理