关于 BioF3

BioF3 是一份面向中文读者的组学数据分析实践教程。它不只列出工具名，也不只贴 demo 代码；我们尽量让每个模块都能在读者自己的电脑或服务器上跑出真实结果。

名字里的两个字​

• Bio —— 生物信息学（Bioinformatics）
• F3 —— 作者的团队标识

目前写到了哪里​

• 基础入门：组学数据分析入门、AI 辅助编程、R / Python / Bash、Jupyter、公共数据库、R 数据整理与 ggplot2，共 6 篇。
• 单细胞实践教程：从数据获取到 FAIR 数据共享，共 12 个模块，是当前站点内容最完整的一条主线。
• bulk RNA-seq / 基因组 / 表观组 / 蛋白质组 / 多组学整合：每个专栏都有入门页（分析流程、常用工具、公开数据集和一个最小可跑的例子），后续模块会持续补齐。

首页的 Roadmap 区块展示了各专栏的当前完成度。

技术栈​

站点本身用 Docusaurus v3 + TypeScript 构建，内容全部是 Markdown，图表配套脚本以 R / Python 为主，部署在阿里云服务器上，评论基于自托管的 Waline。

许可与引用​

• 代码仓库：github.com/ShengXinF3/BioF3
• 代码许可证：MIT
• 教程文字：默认以学习和交流用途开放；如需在发表内容里引用，请保留来源链接

来源：BioF3 组学数据分析实践教程
网址：https://biof3.com
GitHub：https://github.com/ShengXinF3/BioF3

反馈与贡献​

• 每篇文章底部都有评论区，填昵称和邮箱即可留言
• GitHub Issues 追踪具体问题
• GitHub Discussions 适合方法讨论
• 直接 PR 补错、补内容、补真实案例都欢迎

致谢​

感谢 Bioconductor、Seurat、Scanpy、ArchR、Signac、MOFA2、DESeq2、GATK、Cell Ranger、Docusaurus 以及无数开源生信工具的作者。站点使用的教学数据来自 10x Genomics、CELLxGENE、Human Cell Atlas、GEO、ENCODE、TCGA、PRIDE 等公开资源。

第三方内容声明​

BioF3 的 /skills 页镜像收录了开源生信 AI agent skill 仓库的内容。当前收录:

BioF3 仅做内容索引、分类、中文导览、镜像下载,不修改原内容,不参与 skill 创作。每个下载 zip 包内含完整 LICENSE 全文 + 来源说明 README。完整体验请使用上游官方安装脚本(Claude Code / Codex / Gemini / OpenCode / OpenClaw)。

如果你是上游作者或 contributor 觉得 BioF3 的引用 / attribution 还可以做得更好,欢迎在 GitHub Issues 提建议或 PR。