单 细胞云平台使用指南
BioF3 单细胞云平台提供在线 scRNA-seq 数据分析服务，无需安装任何软件。
快速开始
1. 注册登录
访问 biof3.com/single-cell，使用邀请码注册账号。
2. 体验 Demo
首次登录后，点击「初始化 Demo」加载 PBMC3K 示例数据，体验完整分析流程。
3. 上传数据
支持以下格式：
| 格式 | 说明 | 示例 |
|---|---|---|
.rds | Seurat 对象或 R 矩阵 | pbmc.rds |
.h5 | 10x HDF5 格式 | filtered_feature_bc_matrix.h5 |
.tar.gz | 10x Cell Ranger 输出 | filtered_gene_bc_matrices.tar.gz |
.csv | 基因×细胞 表达矩阵 | counts.csv（行=基因，列=细胞） |
4. 标准分析
上传后点击「启动标准分析」，系统自动完成：
- 质量控制（QC）：过滤低质量细胞
- 归一化：LogNormalize 或 SCTransform
- 高变基因选择
- PCA 降维
- UMAP 可视化
- 聚类（Louvain）
- Marker 基因鉴定
5. 下游分析
标准分析完成后，可使用以下工具：
| 工具 | 功能 | 输入 |
|---|---|---|
| 降维聚类 | 重新聚类（调参数） | Seurat 对象 |
| 差异表达 | cluster 间 DEG | Seurat 对象 |
| 富集分析 | GO / KEGG | DEG 列表 |
| 细胞注释 | SingleR 自动注释 | Seurat 对象 |
| 轨迹分析 | Monocle3 拟时序 | Seurat 对象 |
| 细胞通讯 | CellChat 互作 | Seurat 对象 |
| 多样本整合 | Harmony / CCA | 多样本 |
数据预览
标准分析完成后，进入数据集可以：
- 查看细胞元数据（clusters、基因数、UMI 数等）
- 查看基因列表（表达量、检出率）
- 按列搜索筛选（支持多值：
1,2,3） - 筛选后自动选中，直接用于下游分析
- 上传 标注文件（CSV，含 cell_id 列）合并到表格
- 导出选中细胞 CSV
在线绘图
分析完成后，在「图表」tab 点击任意图表的「在线绘图」按钮：
- 编辑 R 代码
- 实时执行并返回图片
- 支持自定义颜色、标签、基因等
- 预热后 < 5 秒出图
子集分析
- 在数据预览中筛选/选中细胞
- 点击右侧工具（如「降维聚类」）
- 系统自动创建子集数据集 → 运行分析
- 子集在侧边栏中显示为父数据集的子项
参数说明
标准分析参数
| 参数 | 默认值 | 说明 |
|---|---|---|
| min.cells | 3 | 基因至少在 N 个细胞中表达 |
| min.features | 200 | 细胞至少表达 N 个基因 |
| max.features | 5000 | 细胞最多表达 N 个基因（过滤 doublet） |
| MT% 上限 | 20 | 线粒体基因比例上限 |
| nPCs | 20 | PCA 使用的主成分数 |
| resolution | 0.5 | 聚类分辨率（越大 cluster 越多） |
预设模板
- PBMC 推荐：外周血，max.features=2500, MT%=5
- 肿瘤样本：高异质性，max.features=6000, MT%=25, SCTransform
- 小鼠脑组织：MT%=10, nPCs=20
- 高通量 (>10k)：min.cells=5, resolution=0.4
常见问题
Q: 分析失败怎么办？
系统会自动翻译 R 错误信息并给出建议。常见原因：
- 数据格式不对（确认是 10x 标准输出）
- 文件损坏（重新上传）
- 参数不合适（调整 QC 阈值）
Q: 分析要多久？
- 标准分析：1-3 分钟（取决于细胞数）
- DEG / 注释：30 秒 - 1 分钟
- 轨迹 / 通讯：1-2 分钟
Q: 数据安全吗 ？
- 所有数据加密存储在阿里云 OSS
- 用户间数据完全隔离
- 支持随时删除自己的数据
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