阶段 C / D 路线图（历史记录，含 r-server + py-server）

2026-06-12 更新：阶段 A+B 已完成，但当前中心库是 ECS Docker PostgreSQL (biof3-pg)，不是阿里云托管 RDS。近期不迁托管 RDS；控制面收敛以 docs/ops/ECS-PLATFORM-CONVERGENCE-PLAN.md 为准。 2026-06-13 更新：本文是历史路线图。当前定稿是 /api/platform/* 由 ECS platform 承担；Dell 保留 r/py API compatibility

• workers + R/Python Docker，不把 py-server / R Docker 迁到 ECS。 继续工作请以 docs/ops/ECS-PLATFORM-CONVERGENCE-PLAN.md 为准。

ECS 上目录（当前 BioF3 vs 历史，勿混）

路径	说明
/opt/biof3-tutorial/current-site	当前静态站（deploy.sh --site）
/opt/biof3-r-server	阶段 C：r-server API（C1）
/opt/biof3、/opt/halo	历史项目，与当前 BioF3 无关 — 勿当部署/改配置目标

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1. 现在三台「逻辑服务」都在 Dell

进程	端口（典型）	角色	资源特点
biof3-r-server	3001	主 API：登录、单细胞云、Copilot、调 R	Node 轻～中；Copilot 并发
biof3-py-server	3002	空间/ Python 任务 API、调 biof3-python 容器	Node 轻；算力在 Python 容器（可达 96G）
R 容器	Docker	Seurat/ggplot 等	内存大户
Python 容器	Docker	cell2location / Tangram 等	内存大户

用户访问路径今天：

biof3.com (ECS nginx)
  ├─ /api/r/*  ──frp──► Dell:3001  (r-server)
  └─ /api/py/* ──frp──► Dell:3002  (py-server)   # 若 nginx 已配

阶段 C/D 必须同时考虑 py-server：不能只迁 r-server，否则空间分析仍绑在 Dell 的 API 入口 上。

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2. 目标架构（阶段 D 结束态）

flowchart TB
  U[用户] --> ECS

  subgraph ECS["阿里云 ECS · 控制面"]
    WEB[静态站]
    NGX[nginx]
    RAPI[biof3-r-server 或合并网关]
    PYGW[py 路由 / 或轻量 BFF]
  end

  subgraph Data["阿里云数据"]
    PG[(ECS Docker PostgreSQL<br/>biof3-pg)]
    OSS[(OSS)]
  end

  subgraph Dell["Dell · 算力面"]
    RPOOL[R Docker]
    PYPOOL[Python Docker]
    WR[Worker: 执行队列任务<br/>可选与 r/py 进程合并]
  end

  U --> WEB
  NGX --> RAPI
  NGX --> PYGW
  RAPI -->|本机 / Docker 网络| PG
  RAPI --> OSS
  RAPI -->|内网/专线| Dell
  PYGW -->|内网/专线| Dell
  Dell --> PG
  Dell --> OSS

组件	阶段 D 应在哪
页面、nginx	ECS
r-server（鉴权、项目、Copilot 网关、入队）	ECS
py-server（历史草案）	旧建议曾考虑上 ECS；当前定稿保留在 Dell:3002 作为算力入口
R / Python 实际执行	Dell（或未来阿里云大内存 Worker）
PostgreSQL / OSS	ECS Docker PostgreSQL / OSS

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3. 阶段 C 与 D 划分

阶段 C —「API 上云，算力留 Dell」

序号	任务	说明
C1	ECS 与 PostgreSQL 同机	当前 biof3-pg 已在 ECS；API 用 127.0.0.1:5432，Dell 通过 autossh 转发连接
C2	ECS 部署 biof3-r-server	DATABASE_URL、BIOF3_P2_PG=1；不跑 R 容器
C3	nginx 灰度（历史）	旧草案曾考虑 /api/r/ 上 ECS；当前定稿是 /api/r/ 反代到 Dell 算力入口
C4	Dell r-server 降级（历史）	当前 Dell biof3-r-server 保留 api 模式作为算力兼容入口，执行由 worker 承担
C5	py-server 策略（历史）	当前定稿是 /api/py/ 保留 Dell:3002 算力入口，不把 Python Docker 迁到 ECS
C6	服务间鉴权	Dell Worker 只接受 ECS 来的 BIOF3_API_TOKEN / 内网 IP
C7	验收	登录、单细胞任务、Copilot、空间/py 任务 全链路

阶段 D —「Dell 纯 Worker」（历史草案）

序号	任务	说明
D1	任务队列统一	分析任务：ECS platform 写 PG analyses + 推队列；Dell 消费并调 R/Python
D2	去掉 Dell 对公网 API（历史）	当前保留 /api/r/*、/api/py/* 到 Dell 的算力入口
D3	数据库连接收敛	保护 ECS PostgreSQL；Dell 仅通过受控隧道/内部网络连接，不暴露数据库公网面
D4	py-server 本地 DB	pyserver.db 若仍用：迁 PG 或保留 Dell 仅作任务状态（需单独评估）
D5	监控与扩容	ECS API 水平扩展；Dell 按 R/Python 内存加机器或升配

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4. py-server 阶段 C 要注意什么

项	建议
端口	生产 PY_SERVER_PORT=3002
Docker	biof3-python 容器 留在 Dell（96G 那台），ECS 上不跑 Python 重镜像
API 迁 ECS 后	历史方案；当前不执行
nginx	当前 /api/py/ → Dell:3002 算力入口
env	py-server/.env：OSS、BIOF3_API_TOKEN、DATABASE_URL（py 任务元数据进 PG）
与 r-server	共用同一 JWT_SECRET / 用户体系（PG users）

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5. 推荐实施顺序（你说「接下来就搞定」）

周 1 — 准备
  □ 确认 ECS 规格（2C8G 起，API 专用）
  □ 确认 biof3-pg 数据卷 + pg_dump 备份 + 恢复演练
  □ 文档化当前 nginx / frp 配置（备份）

周 2 — 阶段 C（r-server）
  □ 历史方案：ECS 安装 Node、pm2、部署 r-server（同仓库 r-server/）
  □ 历史方案：环境变量从 Dell /etc/biof3.env 复制
  □ 健康检查 /api/health
  □ nginx 10% 流量或仅 admin 域名试切

周 3 — 阶段 C（py-server）
  □ 历史方案：ECS 部署 py-server（不启 Docker Python）
  □ 当前不执行：nginx /api/py/ → ECS:3002
  □ Dell 保留 Python 容器；py-server 在 ECS 调 Dell Worker URL
  □ 跑一条空间分析回归

周 4 — 阶段 D
  □ frp 关闭 API 映射
  □ Dell 仅 Worker + 双容器
  □ PostgreSQL 不暴露公网面；Dell 通过受控转发连接
  □ 压测与回滚预案

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6. 风险与回滚

风险	缓解
ECS 与 Dell 内网不通	先 VPN/专线或临时保留 frp 仅内网隧道
Copilot 延迟	ECS platform 与 PostgreSQL 同机 / 同 Docker 网络；LLM 仍走公网 API
Python 任务失败	阶段 C 保留 Dell:3002 并行，灰度切换
双写 API	不要 长时间 ECS+Dell 同时对外写 PG

回滚：nginx 指回 frp → Dell；pm2 启 Dell r-server/py-server。

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7. 相关命令（现有）

# r-server
./deploy.sh --push r-server/...
./deploy.sh --health

# py-server（仍在 Dell）
./deploy.sh --py-deploy
./deploy.sh --py-health
./deploy.sh --py-logs

阶段 C 完成后可新增：./deploy.sh --api-ecs-deploy（待实现）。

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8. 相关文档

• architecture-target.md — 目标架构图
• ops-phase-b.md — P2 全 PG（已完成）
• ops-pg-cutover-runbook.md — SQLite → PostgreSQL 历史切换