跳到主要内容

bulk RNA-seq 实践教程

本专栏规划 bulk RNA-seq 数据分析的完整实践流程，后续会逐步补充真实数据、可运行脚本和结果解释。

实践路线​

  1. 数据集选择与下载
  2. FASTQ 质量控制
  3. 比对或准比对
  4. 表达量定量
  5. 样本质控与批次检查
  6. 差异表达分析
  7. 功能富集分析
  8. 结果可视化与报告整理

计划模块​

  • Module 01：实践数据集与项目设计
  • Module 02：FASTQ 质量控制与 MultiQC
  • Module 03：STAR / HISAT2 比对流程
  • Module 04：Salmon / kallisto 定量流程
  • Module 05：DESeq2 差异表达分析
  • Module 06：GO / KEGG / GSEA 富集分析
  • Module 07：火山图、热图和表达趋势图
  • Module 08：可复现报告与结果交付

推荐前置知识​

当前状态​

本专栏为规划中内容。现阶段可以先完成单细胞实践教程，熟悉 BioF3 的实践型学习方式。