08 临床变异解读与报告
从"一份 VCF"到"能给临床医生看的报告"，中间需要变异分级、数据库查询和标准化报告格 式。
ACMG 变异分级
美国医学遗传学学会（ACMG）把胚系变异分为 5 级：
| 级别 | 含义 | 行动 |
|---|---|---|
| Pathogenic | 致病 | 报告 + 临床干预 |
| Likely pathogenic | 可能致病 | 报告 |
| VUS | 意义未明 | 报告但不做临床决策 |
| Likely benign | 可能良性 | 通常不报告 |
| Benign | 良性 | 不报告 |
常用注释数据库
| 数据库 | 内容 |
|---|---|
| ClinVar | 变异-疾病关联（NCBI 维护） |
| gnomAD | 人群等位基因频率 |
| OncoKB | 肿瘤驱动突变 + 药物靶点 |
| COSMIC | 肿瘤体细胞突变数据库 |
| InterVar | 自动化 ACMG 分级工具 |
VEP 注释 + ClinVar
vep --input_file variants.vcf \
--output_file annotated.vcf \
--cache --dir_cache /path/to/vep_cache \
--assembly GRCh38 \
--everything \
--plugin ClinVar,/path/to/clinvar.vcf.gz
报告模板
临床报告通常包含：
- 患者信息 + 检测方法
- 阳性发现（Pathogenic / Likely pathogenic 变异）
- VUS 列表
- 质量指标（覆盖度、Ti/Tv）
- 方法学描述
- 局限性声明
肿瘤报告的特殊性
肿瘤报告额外需要：
- 突变等位基因频率（VAF）
- 肿瘤突变负荷（TMB）
- 微卫星不稳定性（MSI）状态
- 可靶向突变（OncoKB Level 1-4）
参考资源
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