04 可视化：火山图、热图与蛋白互作
本章把 DEP 差异分析的结果变成能直接用于论文的图。每张图配一个最常见的用途。
配套脚本 prot04_visualization_sci.R 在 UbiLength 数据上输出 6 张可视化成品：
Rscript scripts/proteomics/prot04_visualization_sci.R
每张图看什么
图 1：三个对比（Ubi1/Ubi4/Ubi6 vs Ctrl）的火山图并排。泛素链越长，显著蛋白越多、fold change 越大。一张图同时展示剂量-效应关系。
图 2：Ubi6 vs Ctrl 最显著的 30 个蛋白的 z-score 热图。列按条件排序，行聚类。可以直接看到哪些蛋白在 Ubi6 里一致上调 / 下调。
图 3：Top 6 差异蛋白在 4 个条件下的归一化强度分布。boxplot + jitter 能看到每个重复的值，确认差异不是被个别 outlier 驱动。
图 4：三个对比的 DE 蛋白集合重叠。"Ubi1 + Ubi4 + Ubi6" 共有的蛋白是最稳健的候选；只在 Ubi6 里出现的可能是链长度特异的效应。
图 5：Ubi4 vs Ubi6 的 log2FC 散点。对角线上方的点 = Ubi6 效应更强。高相关性说明两个条件的蛋白组变化方向一致，只是幅度不同。
图 6：按 |LFC| 排序的 top 20 差异蛋白条形图。红色上调、蓝色下调。写论文时直接用来列出"效应最大的候选蛋白"。
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