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做完单组学分析，很多项目下一步的自然问题就是："这个结果在另一层组学上成立吗？"单组学给出的是一个切面：基因组变异能解释一部分表型，但不直接告诉你表达是否真的发生变化；转录组能看到 mRNA 差异，但不直接对应蛋白层的改变；甲基化和染色质状态的差异也要经由表达才能解释到表型。多组学整合的目的就是把不同层面的证据放到一个框架里，相互印证，或相互约束。

本文讲多组学整合的三种常见策略（早期/中期/晚期整合），和几种主流工具的适用边界。完整可运行的代码示例在 多组学整合实践教程 里，用 MOFA2 自带的 CLL 数据集就能跑起来。