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做生信分析时最容易踩的一个坑是："这个工具的名字我听说过很多次，但不知道它在整条流水线里的哪个位置"。结果是收藏夹里堆满 GitHub 链接，每次开始新项目还是从零找工具。

这篇文章把我们常用的一些工具按实际工作流分层列出来，每类工具只给一到两个首选。不追求"最全"，只说"从单细胞或 bulk 项目一路到发表，大致在哪些步骤用什么"。