BioF3 FigCode · SCI 绘图代码集

突变位点图（Lollipop Plot）

导出日期：2026年6月27日

分类：基因组｜ 依赖包：maftools

解决的生物学问题

目标基因的突变是否集中在特定蛋白结构域或热点位置？

应用场景

单基因突变热点分析
蛋白功能域与突变位点关联
不同队列突变位点对比
临床意义突变位点标注

输入数据格式

MAF 对象 + 基因名

关键参数

gene 目标基因名
AACol 氨基酸变化列名
showMutationRate 是否显示突变率
domainLabelSize 结构域标签大小
repel 标签是否避免重叠

快速开始

1. 直接在线运行

打开 FigCode 在线绘图，点击本工具卡片的"在线绘图"按钮即可用内置示例数据出图，零环境配置。

2. 本地复现

下载脚本和示例数据，本地 RStudio 运行：

# 下载
curl -O https://<your-site>/figcode/scripts/lollipop.R
curl -O https://<your-site>/figcode/data/lollipop.csv

3. 安装依赖

# CRAN 包
install.packages(c())

# Bioconductor 包（如需）
# BiocManager::install(c("maftools"))

完整代码

library(maftools)

# --- Demo: use built-in TCGA LAML dataset ---
laml.maf <- system.file("extdata", "tcga_laml.maf.gz", package = "maftools")
laml <- read.maf(maf = laml.maf)

# --- Plot ---
lollipopPlot(laml, gene = "DNMT3A", AACol = "Protein_Change",
             showMutationRate = TRUE, domainLabelSize = 3)

替换为自己的数据

脚本中以 # --- Demo data --- 标注的段落是示例数据生成代码。替换为自己的数据时，保持列名一致即可：

输入格式：MAF 对象 + 基因名
使用 read.csv() / readRDS() 读取本地文件