BioF3 FigCode · SCI 绘图代码集

突变 3D 直方（Lego Plot）

导出日期：2026年6月27日

分类：基因组｜ 依赖包：maftools、BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19

解决的生物学问题

我的肿瘤样本在 96 种突变 context 上的频谱长什么样？哪种替换最多？

应用场景

替代 SBS96 frequency bar 的 3D 版
泛癌突变特征大类汇总
报告 / PPT 视觉效果加分图

输入数据格式

maftools::trinucleotideMatrix 输出

关键参数

add = TRUE 计算 trinucleotide context
plotLego 风格
sample 选取特定样本

快速开始

1. 直接在线运行

打开 FigCode 在线绘图，点击本工具卡片的"在线绘图"按钮即可用内置示例数据出图，零环境配置。

2. 本地复现

下载脚本和示例数据，本地 RStudio 运行：

# 下载
curl -O https://<your-site>/figcode/scripts/lego-plot.R
curl -O https://<your-site>/figcode/data/lego-plot.csv

3. 安装依赖

# CRAN 包
install.packages(c("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19"))

# Bioconductor 包（如需）
# BiocManager::install(c("maftools"))

完整代码

library(maftools)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)

# --- Demo: TCGA-LAML ---
laml.maf <- system.file("extdata", "tcga_laml.maf.gz", package = "maftools")
laml <- read.maf(maf = laml.maf, verbose = FALSE)

# --- Trinucleotide context ---
laml.tnm <- trinucleotideMatrix(
  maf = laml,
  ref_genome = "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19",
  prefix = "chr", add = TRUE,
  useSyn = TRUE
)

# --- Lego-style plot ---
plotApobecDiff(laml.tnm, maf = laml, pVal = 0.05)
# 或：plotSignatures() 先 extractSignatures() 然后画 SBS96 lego

替换为自己的数据

脚本中以 # --- Demo data --- 标注的段落是示例数据生成代码。替换为自己的数据时，保持列名一致即可：

输入格式：maftools::trinucleotideMatrix 输出
使用 read.csv() / readRDS() 读取本地文件