BioF3 FigCode · SCI 绘图代码集

气泡图（KEGG Bubble）

导出日期：2026年6月27日

分类：功能富集｜ 依赖包：ggplot2

解决的生物学问题

不同实验条件下的 KEGG 通路富集模式有何异同？

应用场景

多组差异基因通路对比
时间序列通路动态变化
上下调基因分别富集对比
多组学通路交叉验证

输入数据格式

compareCluster 结果或自定义富集数据框

关键参数

compareCluster formula 分组公式
size 气泡大小映射（Count / GeneRatio）
color 颜色映射（p.adjust）
facet 分面变量
label_format 标签换行宽度

快速开始

1. 直接在线运行

打开 FigCode 在线绘图，点击本工具卡片的"在线绘图"按钮即可用内置示例数据出图，零环境配置。

2. 本地复现

下载脚本和示例数据，本地 RStudio 运行：

# 下载
curl -O https://<your-site>/figcode/scripts/kegg-bubble.R
curl -O https://<your-site>/figcode/data/kegg-bubble.csv

3. 安装依赖

# CRAN 包
install.packages(c("ggplot2"))

# Bioconductor 包（如需）
# BiocManager::install(c())

完整代码

library(ggplot2)

# --- Demo: multi-group comparison ---
set.seed(42)
pathways <- c("Cell cycle", "Apoptosis", "MAPK signaling", "PI3K-Akt",
              "TNF signaling", "p53 signaling", "Wnt signaling", "mTOR signaling")
groups <- c("Up-regulated", "Down-regulated")

compare_df <- expand.grid(Description = pathways, Cluster = groups)
compare_df$GeneRatio <- runif(16, 0.03, 0.2)
compare_df$p.adjust <- runif(16, 0.001, 0.05)
compare_df$Count <- sample(5:30, 16, replace = TRUE)

# --- Plot ---
ggplot(compare_df, aes(x = Cluster, y = reorder(Description, GeneRatio))) +
  geom_point(aes(size = Count, color = p.adjust)) +
  scale_color_gradient(low = "#dc2626", high = "#2563eb") +
  scale_size_continuous(range = c(3, 10)) +
  labs(x = NULL, y = NULL, title = "KEGG Pathway Comparison",
       color = "p.adjust", size = "Count") +
  theme_classic() +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 30, hjust = 1))

替换为自己的数据

脚本中以 # --- Demo data --- 标注的段落是示例数据生成代码。替换为自己的数据时，保持列名一致即可：

输入格式：compareCluster 结果或自定义富集数据框
使用 read.csv() / readRDS() 读取本地文件