BioF3 FigCode · SCI 绘图代码集

免疫平均浸润度（Immune Mean Lollipop）

导出日期：2026年6月27日

分类：分布可视化｜ 依赖包：ggplot2

解决的生物学问题

这个队列的免疫主旋律是什么？哪种免疫细胞最主导？

应用场景

展示队列整体免疫格局
对比不同癌种的免疫主旋律
Cohort summary figure
排序后做选择性后续分析

输入数据格式

矩阵：行=免疫细胞，列=样本，值=ssGSEA score

关键参数

rowMeans 计算平均
sort 按浸润度排序
geom_segment + geom_point 组合

快速开始

1. 直接在线运行

打开 FigCode 在线绘图，点击本工具卡片的"在线绘图"按钮即可用内置示例数据出图，零环境配置。

2. 本地复现

下载脚本和示例数据，本地 RStudio 运行：

# 下载
curl -O https://<your-site>/figcode/scripts/immune-lollipop.R
curl -O https://<your-site>/figcode/data/immune-lollipop.csv

3. 安装依赖

# CRAN 包
install.packages(c("ggplot2"))

# Bioconductor 包（如需）
# BiocManager::install(c())

完整代码

library(ggplot2)

# --- Demo data ---
set.seed(42)
cells <- c('CD8 T','CD4 T','Treg','B','NK','Macrophages','DC','Neutrophils','Mast','Tfh','Th1','Th17')
scores <- runif(length(cells), 0, 1)
names(scores) <- cells
scores <- sort(scores, decreasing = TRUE)

df <- data.frame(CellType = factor(names(scores), levels = rev(names(scores))), MeanScore = scores)

ggplot(df, aes(x = MeanScore, y = CellType)) +
  geom_segment(aes(x = 0, xend = MeanScore, y = CellType, yend = CellType), color = '#dfe8e3', linewidth = 0.8) +
  geom_point(size = 3, color = '#2e8555') +
  labs(x = 'Mean ssGSEA Score', y = NULL, title = 'Immune Cell Infiltration Level') +
  theme_classic() +
  theme(plot.title = element_text(size = 13, face = 'bold'))

替换为自己的数据

脚本中以 # --- Demo data --- 标注的段落是示例数据生成代码。替换为自己的数据时，保持列名一致即可：

输入格式：矩阵：行=免疫细胞，列=样本，值=ssGSEA score
使用 read.csv() / readRDS() 读取本地文件