BioF3 组学数据分析
04 Peak 可视化与多样本比较
04 Peak 可视化与多样本比较
本章把 ChIPseeker + DiffBind 的结果变成能直接用于论文的图。
配套脚本 epi04_visualization_sci.R 输出 6 张图：
Rscript scripts/epigenomics/epi04_visualization_sci.R
每张图看什么
图 1：每个样本的 peak 宽度分布。TF ChIP-seq 的 narrow peak 通常 100-500bp；组蛋白修饰的 broad peak 可以到几 kb。
图 2：5 个样本的基因组区域分布对比。AR（TF）和 CBX6/CBX7（chromatin reader）的分布模式不同。
图 3：AR 100nM 的 peak 在全基因组上的覆盖密度。某些染色体区域 peak 特别密集，可能对应 super-enhancer 或基因密集区。
图 4：AR 三个剂量的 consensus peak 重叠。"三个剂量都有"的是核心结合位点；"只在 100nM 出现"的是剂量依赖的新增位点。
图 5：DiffBind 差异结合位点的基因组区域注释。差异位点主要落在哪里（启动子 vs 增强子）决定了它们的功能解读方向。
图 6：差异结合位点的 fold change vs 到最近 TSS 的距离。靠近 TSS 的位点（启动子区域）和远离 TSS 的位点（增强子区域）可能有不同的 fold change 分布。
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epi04_visualization_sci.R
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