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1. PUFFIN: Protein Unit Discovery with Functional Supervision
📄 arXiv Paper | Date:
2026-04-16| Category:q-bio.BM
Authors: Gökçe Uludoğan, Buse Giledereli, Elif Ozkirimli et al.
AI Research Digest (科研解读)
一句话概括 本研究提出了PUFFIN框架，通过联合学习结构分割与功能监督，在残基与全蛋白之间识别出具有功能意义的中间尺度蛋白质单元。
研究背景
蛋白质功能通常由介于单个残基与全蛋白之间的中间尺度结构单元（残基群）协同执行，然而现有方法多局限于残基级信号、依赖人工注释或分割时缺乏功能信息，难以有效解析结构-功能关系。
方法创新
PUFFIN将蛋白质建模为残基级结构图，利用图神经网络结合结构感知池化机制，在无需人工标注的情况下，通过联合优化结构分割与功能监督信号，自动将蛋白质划分为多残基单元。
关键发现
- 学习到的蛋白质单元在结构上具有高度连贯性，能够形成稳定的中间尺度结构模块。
- 这些单元与分子功能存在明确的统计关联，并能与现有的InterPro数据库注释产生有意义的对应，证明了其生物学解释性。
实际意义
该研究为解析蛋白质结构-功能关系提供了一种可解释的数据驱动范式，有助于从功能角度理解蛋白质的局部结构组织，为蛋白质功能预测和结构解析提供了新的分析工具。
领域归类
领域：结构生物/蛋白设计, AI for Biology
2. Mamba-SSM with LLM Reasoning for Biomarker Discovery: Causal Feature Refinement via Chain-of-Thought Gene Evaluation
📄 arXiv Paper | Date:
2026-04-15| Category:q-bio.QM
Authors: Pushpa Kumar Balan, Aijing Feng
AI Research Digest (科研解读)
3. Roles of mitophagy and immune infiltration in Parkinson's disease: new perspectives from bioinformatics analysis and A53T transgenic mice.
📄 PubMed Article | Date:
2026 Apr 17| Category:Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
Authors: Li X, Zhang Y, Yang Q et al.
AI Research Digest (科研解读)
4. Identification of tissue plasminogen activator (PLAT) as a potential target linking osteoarthritis and psoriasis: Integrated bioinformatics analysis and molecular dynamics simulation.
📄 PubMed Article | Date:
2026 Apr 15| Category:International journal of biological macromolecules
Authors: Sha Z, Zhang Z, Liu H et al.
AI Research Digest (科研解读)
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